武汉东湖综合保税区建设管理办公室成立于2012年3月，为武汉市正局级事业单位，委托武汉东湖新技术开发区管理。主要职责是：按照国家和省、市有关法律、法规和政策规定，对综合保税区实行集中统一管理，拟定保税区发展规划并负责组织实施；按照规定的权限，负责保税区内有关规划、建设、管理等事宜；协调派驻保税区的海关、检验检疫等监管部门开展有关业务；承担上级交办的其他工作。内设综合（保税业务）处、规划建设处、投资促进处。